Nachdem Spee sein Studium der Philosophie an der Universität Würzburg mit dem Grad eines Magister Artium abgeschlossen hatte, wurde er von 1615 bis 1619 nacheinander in Speyer, Worms und Mainz als Gymnasiallehrer eingesetzt, um ihm Lehrerfahrung zu verschaffen. Seinem schon früh geäußerten Wunsch entsprechend, bemühte er sich in diesem Zeitraum um die Versetzung in die Indien-Mission – allerdings erfolglos: Seine im November 1617 schriftlich an den Ordensgeneral der Jesuiten gerichtete Bitte wurde abgelehnt. Vielmehr sah Ordensgeneral Vitelleschi Spees Potenzial in der Bekehrung von Protestanten zum katholischen Glauben und ermutigte den jungen Lehrer, sich der Rückgewinnung der „Häretiker” in Deutschland zu widmen.

Um sich auf diese Aufgabe vorzubereiten, studierte Spee zusätzlich zu seiner Lehrtätigkeit am Jesuitenkolleg ab 1619 Theologie an der Universität Mainz. Während seines Studiums verfasste er bereits mehrere kleinere Schriften, deren Publikation 1621 durch den Ordensgeneral mit der Begründung abgelehnt, dass Spee zuerst seine Studien abschließen müsse und erst danach ausreichend Zeit haben würde, die Schriften inhaltlich und formal zu glätten. Doch entgegen des Willens des Ordensgenerals publizierte Spee – wenn auch anonym – 1621 und 1622 mehrere Sammlungen kleiner geistlicher Schriften bei einem Würzburger Verlag. Nach dem Abschluss des Studiums der Theologie wurde Friedrich Spee am 26. März 1622 im Mainzer Dom zum Priester geweiht.